為全面體現(xiàn)政府公共衛(wèi)生職能，適應疾病譜和醫(yī)學模式改變，擴大疾病預防控制功能，增強城市公共衛(wèi)生應急能力，優(yōu)化衛(wèi)生防病資源，提高公共衛(wèi)生科技水平，1998年11月，在市委、市政府的重視下，上海按照預防歸口、綜合管理、網(wǎng)絡統(tǒng)一、上下對口、機構整合、功能重組的原則，在原上海市防疫站基礎上，實質性合并市勞動衛(wèi)生職業(yè)病防治研究所、市寄生蟲病防治研究所、市結核病防治中心、市皮膚病性病防治中心以及市腫瘤防治研究辦公室、市心腦血管疾病防治研究辦公室，在全國范圍內率先組建成立了第一個省級疾病預防控制中心――上海市疾病預防控制中心，同時掛牌成立了市預防醫(yī)學研究院。

　　上海市疾病預防控制中心是實施市政府衛(wèi)生防病職能的公共衛(wèi)生核心專業(yè)機構，集疾病預防控制與應急、監(jiān)測檢驗與評價、應用科研與指導、技術管理與服務、綜合防治與健康促進為一體，旨在預防和控制危險因素、疾病、傷害和失能，提高全人群健康水平和生命質量。在繼續(xù)加強傳染病預防控制的同時，積極開展對慢性非傳染性疾病和健康危害因素的預防控制，重點加強疾病預防的技術決策、信息綜合、防治實施、應用研究和預防服務等功能。按預防醫(yī)學專業(yè)設置傳染病防治部、慢性病防治部、環(huán)境職業(yè)衛(wèi)生部以及下屬的多個專業(yè)科室。

　　近年來，為了強化政府職能，突出政府衛(wèi)生防病職能的核心任務，體現(xiàn)專業(yè)學科基礎與行政管理實施的融合，上海市疾病預防控制中心先后設置了公共衛(wèi)生應急處置辦公室、傳染病防治管理辦公室、信息管理辦公室等綜合業(yè)務管理部門，建立起上接政府、中聯(lián)專業(yè)科室、下達社區(qū)的高效業(yè)務管理機制，增強社會管理功能和疾病預防控制綜合能力。